הדרך ליישב סכסוכים בין האגודה לבין חבריה ובין חברי האגודה לבין עצמם, נקבעה בסעיף 52 לפקודת האגודות השיתופיות.

בהתאם להוראות סעיף 52 לפקודה:
(1)   רשאית אגודה רשומה לקבוע בתקנותיה הוראות בנוגע ליישוב סכסוכים הנוגעים לעסקי האגודה, בין ע"י הרשם או באופן אחר; ...

(2)   אם קבעו תקנות האגודה שיש להביא בפני הרשם לשם הכרעה כל סכסוך או סוג או סוגים של סכסוכים בנוגע לעסקי האגודה אשר יתגלעו –
(א)     בין חברים, מי שהיו חברים ואנשים התובעים באמצעות חברים, מי שהיו חברים וחברים שמתו, או
(ב)     בין חבר, מי שהיה חבר או אדם התובע באמצעות חבר, מי שהיה חבר או חבר שמת, ובין האגודה, הועד שלה או כל פקיד או סוכן של האגודה, או
(ג)      בין האגודה או הועד שלה ובין כל פקיד או מורשה של האגודה, או
(ד)     בין האגודה ובין כל אגודה רשומה אחרת,
הרי משקיבל הרשם את הבקשה לישוב הסכסוך רשאי הוא –
(אא)     ליישב את הסכסוך בעצמו, או
(בב)      בכפוף לתקנות שתיקבענה, להעבירו לבורר או לבוררים.

(3)   בכפוף לתקנות שתיקבענה, רשאי הרשם לקחת בחזרה מבורר כל בקשה ליישוב סכסוך שהוגשה עפ"י סעיף-קטן (2)(בב) ולטפל בה באופן שנקבע בסעיף-קטן הנ"ל.

(4)   אם מסר הרשם איזה סכסוך לבורר או לבוררים כאמור בסעיף-קטן (2)(בב), רשאי הוא –
(א)    לאשר את פסק הבוררים, או
(ב)    אם על דעת עצמו או עפ"י בקשה שהוגשה לו ע"י אחד מבעלי הסכסוך תוך עשרה ימים מיום הפסק, לתקן את פסק הבוררים או להחזיר לבורר או לבוררים כל ענין הנזכר בפסק למען יחזרו ויעיינו בו.

(5)   לכל החלטה הניתנת ע"י הרשם עפ"י סעיף-קטן (2)(אא) ולכל החלטה של הבורר או הבוררים עפ"י סעיף-קטן (2)(בב) שהרשם אישרה עפ"י סעיף-הקטן הקודם, יהא תוקף של פסק דין מטעם בית משפט מחוזי שאינו ניתן לערעור, וכן תוצא לפועל בדומה לכך.
הנה כי כן, רשם האגודות רשאי למנות בורר אשר יכריע בסכסוך המובא לפניו, אולם הפסק הניתן על ידי הבורר כפוף לאישורו של הרשם שהכרעתו סופית ומעמדה כפסק דין שניתן על ידי בית משפט מחוזי.